Con  Resolución Rectoral No. 334-91-UNASAM, la Magna Asamblea Universitaria en Sesión Extraordinaria de fecha 10 de Mayo de 1991, acordó aprobar el proyecto de implementación de la Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas, con tres Escuelas de Formación Profesional: Economía, Contabilidad y Administración, por ser necesaria para el desarrollo regional, el cual responderá a una politica de desarrollo regional y expansión universitaria. Asimismo, se autorizó al Honorable Consejo Universitario la implementación de la Facultad, con las tres Escuelas Profesionales, mediante la designación de una Comisión Implementadora.

Mediante Resolución No. 466-91, de fecha 26 de Octubre de 1991, se constituyó la primera Comisión de Gobierno Transitorio de la FCEA, conformada por los Docentes: Econ. Enrique Huerta Berríos, Econ. Darío Vargas Arce, Ing.Econ. Máximo Mena Melgarejo y Lic.Adm. José Linares Cazola, nominándose  como Presidente de la Comisión al docente Econ. Enrique Huerta Berríos.

La FCEAC inició sus actividades académicas en el mes de Abril de 1992, en los locales de la Facultad de Ingeniería de Minas, Geología y Metalúrgia, con apoyo de docentes que se comprometieron a dar inicio durante los primeros  Ciclos Académicos Semestrales.

Con Resolución Rectoral No. 616-91 y, por acuerdo del Honorable Consejo Universitario, de fecha 29 de Agosto de 1991, se reemplaza al Econ. Darío Vargas Arce, por el CPC. Alcides Medina Ortega y, con Resolución Rectoral No. 080-92, se designa al Lic.Adm. José Linares Cazola, como Presidente de la Comisión de Gobierno Transitorio de la FCEAC a partir del 17 de Diciembre de 1991, por renuncia del Econ. Enrique Huerta Berríos.

En Sesión del Consejo Universitario, de  fecha 11 de Marzo de 1993, se acordó aceptar la renuncia irrevocable  del Lic.Adm. José Linares Cazola, al cargo de Presidente, de remover a todos los miembros de la Comisión de Gobierno Transitorio de la FCEAC designándose al Econ. Juan Manuel Castro Gutiérrez, Econ. Jorge Teófilo Manrique Cáceres, CPC. Alcides Medina Ortega y Econ. Miriam Guzmán Casanueva; asumiendo la Presidente el Econ. Juan Manuel Castro Gutiérrez.

Con fecha, 01 de Mayo de 1995, fue elegido como Decano de la FCEAC el Lic.Adm. José Linares Cazola, cargo que ejerció hasta el 12 de Noviembre de 1997, por vacancia del cargo; asumiendo transitoriamente el Ing.Econ.  Concepción Alva    Garro, del 12 de Noviembre de 1997 hasta el 30 de Abril de 1998.

Con fecha, 01 de Mayo de 1998, es elegido como Decano de la FCEAC el Ing.Econ. Máximo Mena Melgarejo, por el periodo de tres años, al finalizar su periodo, fue elegido  como Decano el Econ. Dario Vargas Arce, del 10 de Mayo del 2001 al 30 de Abril del 2004.

Con fecha, 01 de Abril del 2004, el Honorable Consejo de FCEAC en coordinación con el Comité Electoral Universitario,  elige como Decana a la Mag. Sonia Huemura Paredes, periodo que ejerció hasta el 07 de Junio del 2005.

Mediante Resoluciones Nos. 766; 767 y 776-2005-ANR, de fecha 25 de Enero del 2005, se declara la intervención de la Universidad Nacional “Santiago Antúnez de Mayolo”  y, se suspende en el ejercicio de sus funciones a las autoridades de la UNASAM, por lo que, se designa a la Comisión de Orden y Gestión de la UNASAM, con atribuciones de Asamblea Universitaria y Consejo Universitario, que permita la reinstitucionalización en el plazo de 90 días hábiles.

Mediante Resolución No. 449-2005-UNASAM/P, de fecha 01 de Junio del 2005, se desconcentra la Facultad de Ciencias Económicas, Administrativas y Contables  y, las carreras profesionales, que las conforman y se crean las nuevas Facultades de Economía y Contabilidad; y Administración y Turismo; ambas Facultades son independientes y, ejercen las funciones  de organización y formación académica profesional, de conformidad con la Ley 23733, Estatuto y los Dispositivos Legales vigentes, se creó el Departamento Académico de Economía y el Departamento Académico de Contabilidad.

Mediante Resolución Rectoral No. 009-2007-UNASAM, de fecha, 14 de Marzo  del 2007, se nombra Decano de la Facultad de Economía y Contabilidad, al MSc. Juan Alejandro Castro Sotelo, haciéndose cargo del Decanato el 19 de Marzo del 2007, cargo que viene ejerciendo hasta la fecha.